El 24 de enero de 2006, el papa Benedicto XVI lo nombró Obispo Auxiliar de Medellín, titular de San Leone. Recibió la ordenación episcopal el 1 de abril del mismo año, en la Catedral Metropolitana de Medellín, de manos del Cardenal Giovanni Battista Re.

El 24 de julio de 2015, SE Mons. Víctor Manuel Ochoa Cadavid, hasta ahora Obispo de Málaga – Soatá (Colombia), fue designado Obispo de la Diócesis de Cúcuta y el 15 de agosto de 2015, tomó posesión canónica de la sede episcopal de Cúcuta.

Durante ese mismo mes se dispuso a trabajar en medio de una crisis humanitaria y migratoria. Desde esta realidad que vivía esta zona de frontera, se conoció desde el comienzo, sus bondades como discípulo, padre y pastor. Creó y afianzó el funcionamiento de la Casa de Paso ‘La Divina Providencia’ en el corregimiento de La Parada, municipio histórico de Villa del Rosario, entregando más de mil raciones de comida caliente diarias a los colombianos retornados del país vecino, y a los venezolanos. Acompañó y sufrió el drama de los hermanos desplazados y retornados, promoviendo la imagen de la Iglesia cucuteña como profecía de misericordia. Se aprendió con su ejemplo a ver el rostro de Cristo en cada hermano migrante.

Los bautizados vivieron con intensidad y devoción los divinos oficios y experimentaron la pulcritud y la dignidad de una liturgia Sagrada que les llevó siempre a Dios.

Elevó a la dignidad de Basílica Menor Nuestra Señora del Rosario de Chiquinquirá, Cúcuta a la parroquia de San Luis Gonzaga donde reposa un lienzo de la Santísima Virgen María, fiel copia del original de la Basílica Mayor en Chiquinquirá. Presentada la solicitud el 19 de octubre de 2015, Mons. Víctor Ochoa recibió la aprobación de Su Santidad el Papa Francisco el 7 de octubre de 2019. La concesión del Título se dio el 22 de febrero de 2020.

En los tiempos de pandemia originada en el mes de marzo de 2019 por el Coronavirus, monseñor Ochoa dispuso con gran celo pastoral la logística del Banco Diocesano de Alimentos para atender a las familias más vulnerables de la zona de frontera con una solución alimentaria, llegando a entregar más de mil quinientas toneladas de alimentos.

Conocedor del impacto de los medios de comunicación, dio un gran impulso a estas herramientas modernas de evangelización con las que cuenta la Iglesia Particular de Cúcuta, llevando a la modernización Emisora Vox Dei, ya que proyectó para diciembre de 2020 la consecución de un nuevo transmisor digital, remodelación de los estudios y adecuación de equipos.

El 7 de diciembre de 2020 fue designado como nuevo obispo del ordinariato militar castrense.